1968年1月1日，《人民日报》、《红旗》杂志发表社论，提出要彻底清查混在革命队伍内部的一小撮叛徒、特务、走资派以及没有改造好的地、富、反、坏、右分子，要充分发动群众，彻底清查，坚决处理。同年5月25日，中共中央转发了毛泽东5月19日关于《北京新华印刷厂军管会发动群众开展对敌斗争的经验》的批示（简称“五一九”批示），要求“有步骤地有领导地把清理阶级队伍这项工作做好”。此后，根据毛泽东的指示，全国各地开始了清理阶级队伍工作。

　　湖南省清理阶级队伍工作在省革委会成立后不久就提出来了。先是开展了清查档案工作。从1968年5月1日起，省革委会根据中央“文革”小组关于“清理敌伪档案，深挖叛徒、特务、反革命分子”的部署，对全省清查旧档案的工作进行了部署安排。据11月中旬汇报时统计，全省组织了1400余人的清查队伍，翻阅了10万余卷（册）历史档案材料，一共找出各种线索71万余个。这次查档，虽查清了一些人的历史问题，但在“左”的思想指导下，绝大多数都是不真实的，甚至张冠李戴，指鹿为马，伤害了数以十万计的干部和群众。如零陵地区一个公社，根据一些材料竟说挖出了国民党军队从师长到旅长、团长、营长、连长以下“一整套人马”；安化一起被逼出来的“反革命集团”案件，牵连进去受到打击迫害的干部群众达2700余人，造成死亡171人、重伤260余人的严重恶果。在国民党统治区长期坚持地下斗争并为和平解放湖南作出了很大贡献的湖南地下党组织被全盘否定，原省工委负责人周礼等受到错误的批判和打击。

　　毛泽东的“五一九”批示和北京新华印刷厂的经验传达以后，湖南省革委会根据中央部署，立即召开了电话会议和第二次全会，作出开展“三查一清”（即查国民党黑线、查叛徒、查走资派、清理阶级队伍）的决定，正式布置在全省开展清理阶级队伍工作。8月，省革委会和省驻军支左领导小组在南岳召开县团以上干部会议，部署对敌斗争问题。会议通过分析形势，充分认识了所谓湖南敌情的严重性和敌人活动的特点，认真研究了对敌斗争的部署，确定从9月到11月，分3个阶段，对“阶级敌人”进行彻底的清理。会议强调要深入发动群众，广泛宣传中央两个布告的精神，揭露敌人的罪行，充分发挥“群众专政”的威力；要正确掌握政策，以中央两个布告和公安6条为准，严格划清敌我界限，对反革命重点是抓首恶分子。于是，清理阶级队伍工作真正全面铺开。全省各级革委会（或革筹小组）都把清理阶级队伍作为“斗、批、改”的一项重要工作来抓，相继成立了“三查一清”领导小组和专门工作班子。省革委会除了统一开会部署外，分工由省人保组具体负责抓。下设政策研究组、二办、三办、四办等分别负责掌握情况，清查敌伪档案，指导专案和案件审批等工作。8月至9月，全省掀起了所谓“刮红色台风”，即大搞阶级斗争，大搞“群众专政”，“向一切阶级敌人发动全面进攻”。省革委会一面抽调人员查阅历史档案，一面发动群众开展大检举、大揭发、大清查、大揪斗，大抓“现行反革命”。全省所有的“地、富、反、坏、右”分子全部被分别关押到公社集中审查。10月中旬，中共八届十二中全会公报发表后，又一次掀起“深挖狠批阶级敌人”的高潮，全省各地派出大批“工人毛泽东思想宣传队”进驻省、地、市、县委机关及其他所谓“老大难”单位，包括一些厂矿企业，开展所谓“大揭省、地、市、县委的阶级斗争盖子，大挖一小撮阶级敌人”的斗争。12月3日，中共中央、中央文革小组转发毛泽东12月1日对《北京新华印刷厂对敌斗争中坚决执行党的“给出路”政策的经验》的指示下达以后，省革委会召开电话会议和全省人保、军管工作会议，传达贯彻毛泽东关于“清理阶级队伍，一是要抓紧，二是注意政策”的批示精神，强调在落实政策中继续深挖“阶级敌人”。1969年6月上旬，省革委会人保组在长沙举办了有各地、市、县人保组负责人参加的落实政策学习班，根据北京“六厂二校”的经验，重点研究了清队的定案处理工作，包括定案处理工作的目的、意义、步骤、方法及有关定性处理的一些具体政策。同年7月，省人保组又在株洲车辆厂召开现场会，推广该厂定案处理的经验，并印发了一批典型案例。这些工作，对于贯彻中共中央和毛泽东关于缩小打击面的指示精神起了一定的作用。各地经过查证核实，原报所谓挖出“阶级敌人”的数字不断下降。据同年底统计，全省一共挖出“阶级敌人”96027名，比较5月底前少了112093名，下降了53.8％，其中定案处理的20594名。

　　湖南省在清理阶级队伍中，突出抓了林彪提出的所谓深挖“三条黑线”。早在1967年10月24日，林彪接见湖南省革筹小组和驻军负责人时曾主观武断地说：“湖南问题多，烂摊子大”、“国民党底子厚”，“和平解放不和平”，再加上“两个政客”（指刘少奇、陶铸）、“两个军阀”（指彭德怀、贺龙），湖南是“反革命的三结合”。他还称湖南有3条“黑线”，“黑手很多，黑线很长”，必须深挖。他说的所谓3条“黑线”，指的是与刘少奇、陶铸、彭德怀、贺龙、黄克诚等有工作领导关系及影响的湖南党政军干部，追随程潜、陈明仁起义的民主人士以及长期坚持地下斗争，对推动程潜、陈明仁起义作出过重要贡献的原湖南地下党组织。省革筹小组连续举办各种大型学习班，贯彻林彪的讲话精神，开展对所谓“黑线人物”的打击斗争。如在深挖“黑三线”中，岳阳县乌江公社有602人受到审问，169人被捆绑吊打，330人被批斗，88户被抄家，104人被关押，公社党委书记任建舫等6人被迫自杀。1968年3月20曰，江青在对湖南省赴京人员讲话中，要求他们“查档案，揪坏人”，说“湖南是毛主席的家乡，但也出了不少大叛徒、大坏蛋”，“我就不相信你们的公、检、法那么好”，“文艺黑线在湖南有黑窝”。江青的讲话传达后，全省上下再次掀起查“黑线”、揪“坏人”、抓“叛徒”高潮，公检法系统的广大干警也受到批判斗争。有的单位在清查中由于受到资产阶级派性的干扰，错误地将一些与自己观点不同的对立派也作为打击的对象。1969年3月25日到4月1日，省革委会在沪溪县召开全省人保工作会议，对前一段清队工作进行了总结，推广沪溪县大搞扩大化的清队工作经验，提出今后要“猛攻难点，狠抓死角，继续深挖‘三条黑线’，积极做好定案处理工作”。在此后的一段时间内，各地加紧了对所谓“黑线人物”的打击斗争，使全省更多的干部和民主人士受到牵连。一大批领导干部因此被关进私下设置的牢房，遭到了非法审问，甚至严刑拷打，有的被折磨致死。如省人民检察院正副检察长秦振、刘万全，省政协秘书长孟献国，湖南大学副校长唐膦，中南矿冶学院党委副书记林纳，中共衡阳地委书记胡云初，中共湖南省委统战部副部长刘逊夫，省总工会副主席陈素，中共黔阳地委书记孙旭涛等，都先后被迫害致死。还有一大批县处以上干部被关进监狱，受到长期非人的磨难。

　　随着清理阶级队伍运动的不断深入，其内容也相应发生了变化。1970年以后，主要是“打击反革命”和清查“五一六”分子。1970年1月11日，中共中央发出3号文件《关于打击反革命破坏活动的通知》，指出“打击的重点是现行反革命分子”。2月5日，中共中央又发出《关于反对贪污盗窃、投机倒把的指示》和《反对铺张浪费的通知》，这些被简称“一打三反”（打击反革命分子，反对贪污盗窃、反对投机倒把、反对铺张浪费）。它给清理阶级队伍以新的内容和推动。省革委会贯彻中央的指示，迅速部署在全省开展了轰轰烈烈的“一打三反”运动。2月9日，省革委会常委、党的核心领导小组学习中央3个文件，研究如何贯彻问题。会议决定3个文件都要认真贯彻，中心是第三号文件，每个时期工作有一个重点，首先抓阶级敌人。为了加强对运动的领导，会议要求从省里开始，各级党的核心小组的主要负责人都要亲自抓，不能推给其他领导人管。会议决定，在省革委会党的核心领导小组的领导下，成立“一打三反”办公室（简称三号办），并建立有省革委会人保、生产指挥、政工、办事4大组主要负责人参加的碰头会制度，及时研究分析运动情况，加强对运动的指导，运动的具体工作，则分别由4大组分工负责。2月12日至17日，省革委会党的核心领导小组召开了有各地市州县和省直有关部门主要军政领导400多人参加的会议，主要是进一步解决各级领导对于开展“一打三反”运动的认识和态度问题，并对开展“一打三反”运动做了研究部署。会议要求充分发动群众开展一场对敌斗争的人民战争，后来被称为新的“刮红色台风”。这个会议之后，各单位立即传达贯彻，一场声势浩大的“一打三反”运动在全省范围内迅速开展起来。长沙市从市革委会机关和各区、各战线抽调人员，组成宣传队进驻110个单位，同时市内5个区和市属工交、财贸、文教卫战线500多个单位组织了4万多人的骨干队伍，深入车间、班组、家属区宣传组织发动，带头检举揭发，带头批斗“敌人”。他们利用2000多个大批判专栏和报纸、广播配合运动开展宣传，办了以狠抓经济领域里阶级斗争为中心内容的毛泽东思想学习班2000多期，召开了10多万人参加的批判大会和2000多场批判会，掀起了一个大揭发、大检举、大批判、大清理的热潮。3月5日，省会长沙和株洲、衡阳、湘潭等市的革委会，分别举行了坚决打击反革命破坏活动的宣判大会，对一些当时认为的现行反革命分子、贪污盗窃、投机倒把分子以及其他犯罪分子，分别判处死刑和有期徒刑。

　　“一打三反”运动虽然清除了一些在动乱时期浑水摸鱼的贪污盗窃和胡作非为分子，但由于严重混淆了两类不同性质的矛盾，并夹杂派性，使打击面严重扩大化。一些为刘少奇鸣不平，对“文化大革命”有不同看法，对林彪、江青有议论的人，都被打成“现行反革命”，有的被投进监狱，有的甚至被判处死刑。许多人则是历史问题老账新算。并任意拘押，捆绑吊打，株连家属子女。4月初，省革委会发出通知，坚决制止“一打三反”中的“逼、供、信”行为，各地乱斗、乱打的现象稍有收敛。“一打三反”运动延续到1972年结束。

　　湖南省所谓“清理阶级队伍”，其消极后果是严重的。在“左”的思想指导和派性的干扰下，残酷斗争、随意株连、捕风捉影的现象相当普遍，制造了不少冤假错案，尤其是与“清队”同时进行的所谓清理“五一六”分子，更造成了一起全国性的大冤案。所谓“五一六”反革命集团，原指北京一度存在的一个名为首都“五一六”红卫兵团。毛泽东曾在姚文元《评陶铸的两本书》一文中加了一段话，认定该组织是一个搞阴谋的反革命集团，应予彻底揭露。林彪、江青借机清查“五一六”，将反对过中央“文革”及他们一伙的干部、群众打成“五一六”分子，横加迫害。中共湖南省委对这一清查工作开始只作一般安排，没有认真组织。以后中共中央多次检查督促，才于1971年4月成立清查“五一六”反革命阴谋集团领导小组，各地、州、市、省直机关、省“五七”干校总校分别成立清查专案小组，采取发动群众揭发与组织专案人员清查相结台的方法，在全省开展清查“五一六”的斗争。实际上湖南并不存在“五一六”集团，但当时省委竟主观地圈定省内10多个群众组织为重点清查对象。审查这些群众组织的骨干及其支持过这些组织的领导干部。在当时派性比较严重的情况下，打击对象不仅严重扩大化，造成大批冤假错案，而且演变成为两派群众组织之间的大混战。全省清查“五一六”反革命阴谋集团至1972年基本停止。

　　湖南省在清理阶级队伍中遗留下来的冤假错案，粉碎“四人帮”后全部平反纠正。