在抗日战争时期，1942年中共湖南省委撤消后成立了省工委，书记周礼，委员张春林、刘鼎。当时，国民党推行消极抗日，积极反共的政策，在湖南先后制造了震惊中外的平江惨案，残酷杀害了新四军驻平江嘉义通讯处主任涂正坤和罗梓铭等6位共产党员，1940年又杀害了湘潭中共党员和进步人士郭熙、彭金华等8人。为了保存革命力量，避免国民党的摧残迫害，中共湖南省工委坚决贯彻执行中共中央和南方局的指示，实行“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的十六字方针，大量撤退干部和党员，许多党员和组织失掉了联系。全省党员1939年约5000人，1942年原省委书记高文华撤出湖南时，党员约600人，其中与党组织保持联系的仅180多人，1944年，湖南全省与中共湖南省工委保持联系的党员只有15人，干部2人。随着革命形势的发展，根据中共中央南方局的指示，1945年2月以后，湖南党组织开始转入积极工作，深入群众开展反日、反顽固派的斗争，半年中组织了一批不脱产的游击小组，共300多人。在这一斗争的基础上，通过锻炼和考察，发展了300多个农民党员。到1945年抗战胜利时，全省共有党员700余人。

1945年9月，中共中央制定向北发展、向南防御的战略方针后，各战略区随即调整力量部署。中央决定撤销中共湘鄂赣边区委和湘中地委。八路军南下支队离湘前后，留下刘亚球、谷子元、李林、方用、林熙春等，参加湖南工作，充实湖南各级党组织力景。10月，中共湖南省工委在长沙召开会议，研究恢复党组织和开展工作问题。会议讨论了抗战胜利后的全国形势和湖南情况，研究了工作任务，确定了近期的工作重点：重新进入城市，领导城市民主运动，到工人、学生中去建立城市工作的基础；继续抓好农村工作，在全省范围内恢复和发展党的组织。新组成的中共湖南省工委的分工为：书记周礼，刘亚球参加省工委并负责组织，张春林负责宣传，委员还有刘鼎（病中）。省工委机关设长沙。为加强对全省各地工作的领导，省工委调整了领导骨干，先后调派刘亚球、张春林去湘乡；谷子元、李林、何大群去湘南；龙仲去邵阳；常杏云、谢介眉、刘东安、刘国安、邓钧洪、熊子烈、刘建安、韩淑仪、朱汉樵、王来松等，先后进入长沙工作。

周礼、常杏云、谢介眉进入长沙后，在长沙城郊和长沙县铜官、霞凝、东山、洞井、石燕铺等地恢复和开展了党的工作，建立了党支部，并于1945年11月恢复了长沙县委，谢介眉任书记。

1946年1月，省工委书记周礼奉命到湖北大悟县宣化店，向中共中央中原局汇报工作。中原局代理书记郑位三和中原局组织部长陈少敏听取了他的汇报。郑位三和陈少敏向周礼介绍了当时的严峻形势，指示湖南要恢复和发展党的组织，注重党员质量，在发展中求巩固，在巩固中求发展；党组织要隐蔽，不要暴露；要发动群众，依靠群众，进行合法斗争。

2月，省工委在湘潭韶山召开会议，传达了中原局的指示，讨论了抗战胜利后的国内形势，研究了恢复、发展党的组织，在城市发动工人、学生开展民主运动，在农村积极进行武装斗争的必要准备等问题。会议增补罗振坤为省工委委员。此时，全省党组织已部分恢复。邵阳、长沙、衡阳、醴陵、浏阳、岳阳、耒阳、永兴、郴县、宜章等县党组织，都在省工委直接领导下开展工作。

省会长沙是省工委直接领导全省革命斗争的中心地区。1945年10月，省工委派党员刘国安打入《国民日报》，在新闻界开展活动，发展党的组织和进步势力。随后又与湖南大学革命青年组织“人民世纪社”（简称世纪社）取得联系。1946年2月，成立新闻支部，书记刘国安。6月发展为文教支部，书记官健平，均由省工委直接领导。1946年，省工委派罗振坤和刘建安到长沙城区工人中开展工作，先后成立了泥木工人支部、搬运工人支部。在此前后，还恢复了一批抗战期间隐蔽下来的老地下党员的组织关系，包括段洪发等以码头工、搬运工、人力车、手工业者和菜农为职业的40多人。分别于1945年10月建立了桂花树支部，1946年建立了码头支部，1947年1月建立了韭菜园支部。1946年初，沈立人等在长沙开设文化书店，秘密和半公开的销售《新民主主义论》、《论联合政府》等革命与进步的书刊。周礼即派地下党员朱汉樵去该书店工作，并于1947年1月吸收沈立人、陈静山、蒋绍葵等入党，建立党支部，沈立人任书记。1946年年初，《新潮日报》从常德迁来长沙，编辑部人员大都是共产党员和进步知识分子，他们利用报刊发表政论、时评，揭露国民党政府的腐败，报道全国各地的学生运动，影响很大。从1945年9月到1948年12月，省、市党组织共恢复了抗日战争时期隐蔽在长沙市内的40多名老地下党员的组织关系，发展了近200名新党员，先后建立了新闻、湖大、文教、孤儿院、文化书店、楚怡小学、长沙师范、湘雅医学院、经世学会、青建公司、电信、邮务和工贫东区桂花树、码头、韭菜园等支部，以及工贫北二区的一、二、三支部，还先后建立了湖大总支、河东学运区委、工贫东区区委、工贫北二区区委等区级组织。1946年7月，为加强对长沙市、县的领导，省工委书记周礼兼任长沙县委书记，统管长沙市和长沙县党的工作。

地处湘中的湘潭，是抗日战争时期党组织最活跃的地区。中共湖南省工委十分重视湘潭地区的党组织恢复与发展工作。1945年9月，中共湘潭、湘乡、宁乡边区县工委成立，省工委派张忠廉任潭湘宁边区县工委书记，以韶山为基地，领导3县边区的革命斗争，原湘潭县工委这时改为湘潭特区工委，周道任书记。在特区工委领导下，从1945年9月到1947年12月，湘潭县党组织发展到8个区委、49个支部，共有党员1235名，成为当时党员最多的县份。抗战胜利以后，省工委派潭湘宁边区工委书记张忠廉来韶山召开会议，决定庞柱中任清溪特区区委书记。1945年至1946年春，为应付民意，国民党搞假民主，在各地组织所谓“民选”。韶山地下党利用这一机会，发动党员和进步力量，参加选举，庞柱中以国民党党员的身份当选乡长。接着，一些共产党员和进步人士又被选为保长。这样，党基本控制了乡政权，为以后发展党的组织和开展革命活动创造了条件。

1946年5月，湖南省工委受中共中央南京局领导。9月，刘亚球到南京汇报工作。南京局负责人董必武听取汇报后指出：和平谈判已无希望，内战已经开始，湖南省工委要按照党中央“隐蔽精于，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的方针，做好党的工作。1946年11月6日和1947年3月8日，中共中央先后发出开展国民党统治区农村游击战争的指示。湖南省工委决定在党和群众基础较好的湘潭和湘南地区首先开展武装斗争。为此，省工委为1946年建立的宁乡宗一中学特别支部（书记周太暄）实行直接领导，作为培训干部和领导潭湘宁边区斗争的一个重要据点。

1947年1月，中共中央上海分局（5月改为中共上海中央局）成立，湖南党的组织改由上海分局领导。4月，周礼秘密前往上海汇报工作。上海分局组织部长钱瑛传达了中共中央《关于在国民党统治区斗争策略的指示》。党中央指出：“目前，蒋顽在前线大败、后方危机重重及莫斯科会议趋向于解决国际问题的情况下，竟于其统治的城市，大施镇压，赶走我方人员，威胁民主运动，捕打人民学生。”“针对目前蒋的镇压政策，我们应扩大宣传，避免硬碰，争取中间分子，利用合法形式，力求从为生存而斗争的基础上，建立反卖国、反内战、反独裁与反特务恐怖的广大阵线。”钱瑛指示：湖南当前主要是发展和巩固党的组织，在城市要抓紧学生运动，以学生为主开展群众爱国民主运动，进行合法斗争。

5月，上海中央局又向国统区各省党组织传达了中央5月5日发出的新指示：“近日，蒋顽因军事、经济、政治种种危机难以解脱，于是大造谣言，捏造所谓‘中共地下斗争路线纲领’，企图一方面借此陷害民主人士和群众团体，另一方面借此捕杀中国共产党秘密人员和进步分子，以镇压蒋管区的人民运动。在此情况下，我们在蒋管区统治尚严的地方尤其是蒋管区大城市中的工作方针，就是要保护中国共产党及民主进步力量，以继续加紧开展人民运动。”指示强调：“党的组织要严守精干隐蔽，平行组织，单线领导，不转关系，城乡分开，上下分开，公开与秘密分开等原则。”

为了贯彻执行中共中央与南京局、上海中央局的指示精神，加强对城市“反饥饿、反内战、反迫害”的群众民主运动与农村武装斗争的领导，中共湖南省工委进一步加强了各级党组织的建设。1947年7月，周礼指示谷子元在衡阳建立中共湘南工作委员会，由谷子元任书记，委员有何大群、朱汉樵、雷天一、王来苏。湘南工委下辖耒（阳）安（仁）永（兴）中心县委，衡阳、耒阳、安仁、资兴、桂阳、临武、汝城等县县工委，以及郴县城区工委、郴县栖凤渡区委、祁阳区工委、酃县区工委和宜章栗源党支部、常宁党支部、永兴羊鸟嘴党支部。1948年10月，为加强五岭根据地的建设，更有力地开展湘南地区的游击战争，湘南工委由省工委领导改为中共广东五岭地委和中共湖南省工委双重领导（1949年8月，湘南工委复归中共湖南省工委领导）。湘南工委的主要任务是恢复和发展党的组织；广泛发动群众，在城市开展反饥饿、反内战、反迫害的斗争，在农村开展反征兵、反征粮、反征税的斗争；开展统战工作；发动武装斗争。

1947年冬，省工委指示各级党组织，要积极培养和吸收够条件的工人、农民、知识分子入党；认真培养和提拔党的干部，输送一批党员和优秀知识分子到农村、工厂、游击队中去工作；各级党组织设军事委员，加强对武装斗争的准备，相机发动起义。1947年8月，省工委派长沙县委书记谢介眉到华容工作，通过熊子烈的关系，以隆庆农场为基地，发展党的组织。谢介眉在华容成立湘北工作委员会并任书记，委员有张忠廉、李林，负责领导华容、南县、岳阳等地的斗争。稍后，省工委派雷天一、方用去常德，恢复和发展党的组织，开辟湘西工作。1948年8月，省工委又派龙仲、叶苓去邵阳组建邵阳中心县工委，龙仲任书记，叶苓为副书记。他们以邵阳《劲报》为立足点，发展党的组织，开展统战工作，领导群众运动，发动武装斗争。此时根据解放战争发展的形势需要，中共武汉市委成员陈克东被上海局派遣到长沙，将上海、南京、武汉等地转移到长沙的一些地下党员，组成中共长沙特别支部，由陈克东和刘晴波先后任书记。1948年还一度成立了中共湘东北工委，书记李峰。8、9月间，省工委先后派黄道奇、刘国安到衡阳组建中共衡阳工委，黄道奇任书记，刘国安任副书记（次年6月改为两衡工委，书记刘国安），在衡阳、衡山地区发展党组织。同时，中共湘南工委也在衡阳建立了中共衡阳工委，书记谭善述，在衡阳城乡活动。此前，中共武汉市委派遣党员周济等来衡阳开展秘密活动，建立了华东区直属衡阳支部。由于地下工作的特点，这三个部分的党组织各自在不同的范围内领导革命斗争，不发生横的关系。

1949年1月，省工委在长沙县委基础上组建了长沙市工委和长沙县工委，市工委书记沈立人，县工委书记刘建安。4月下旬，中共中央上海局为加强湖南武装斗争的领导，派欧阳方来湘，增补为省工委委员。这时省工委由周礼、罗振坤、欧阳方组成，周礼任书记。5月初，省工委在长沙市召开各地党组织负责人参加的武装工作会议，研究全省武装力量的领导问题。同时，省工委决定成立中共湘西工委，方用任书记；成立中共湘中工委，官健平任书记。由于加强党的建设，到1947年底，全省党员发展到1600多人，1948年10月发展到约2000人，到1949年5月发展到6000多人。到1949年6月全省先后建立了5个地区工委，长沙市工委、28个县（市）工委，还有7个县建立区工委，党员发展到8000多人。省工委在恢复和发展党组织的同时，还在长沙、衡阳等地，建立了“人民世纪社”、“方生社”、“新民主主义建设协会”、“新民主主义研究会”、“新民主主义革命青年先锋队”、“中国新民社”、“新民主主义文化协会”、“新民主主义工作者联盟”、“工人解放先锋队”、“工人解放社”、“公务员工协会”等党的外围组织。这些组织成为党联系群众的桥梁，把不同阶层、不同职业的群众紧紧团结在共产党周围，为湖南人民的解放而斗争。1949年5月12日，成立中共中央华中局，湖南省工委由华中局领导。

中共湖南党组织的迅速恢复与发展，不仅成为湖南人民为推翻国民党在湖南的反动统治而斗争的坚强领导核心，也是领导湖南人民争取和平与民主的中流砥柱。