抗日战争进入战略相持阶段后，在日本帝国主义的政治诱降下，国民党内部的对日妥协、对内反共的倾向明显增长。1939年1月国民党的五届五中全会，就制定了“溶共”、“防共”和“限共”、“反共”的反动方针。其后，国民党陆续制定和秘密颁发《限制异党活动办法》、《共党问题处置办法》等反共文件，转发饬令各地“加紧努力，切实执行”。1939年2月1日，接替张治中就任湖南省政府主席兼第九战区代司令长官的薛岳，以所谓“安”（除噩肃奸以求安）、“便”（发展交通以求便）、“足”（生产屯储以求衣食足）三大治湘方案为幌子，大力推行独裁政治，不断制造反共摩擦。国民党省党部的顽固派发表演说文章，在政治上污蔑共产党，同时在机关团体中清查排除共产党。薛岳不仅不准八路军、新四军设立通讯处，不准八路军驻湘代表徐特立在湖南居住，而且纵容部下调查、登记和破坏中共组织。1939年上半年，沅江、耒阳、茶陵、安仁、衡阳、岳阳、浏阳、长沙、溆浦等地都发生了暗中逮捕共产党和抗日进步分子的事件，其中，安仁县政当局还将逮捕的中共安仁县委书记唐名煌，县委委员贺经学暗杀。4月，中共衡阳地方组织创始人之一的刘留侯、曾任耒，安衡中心县委组织部长的邹代富先后惨遭毒手。这一系列情况表明，湖南国共合作的政治局面出现了严重危机。
在国民党的政策出现变化之际，湖南国民党各派别力量也发生了一些变动。曾髓张治中主湘而发展起来的复兴社，由于张治中的去职而势力大减。而CC派却借着国民党反共倾向抬头的环境和薛岳的大力扶持，逐渐取得压倒性优势。这一变化直接影响到国民党在湖南的一些政策：对群众运动，“凡非本党所领导的团体不准登记，不让其存在”，不仅共产党所领导的团体不能存在，连纯粹的群众自发的救亡团体亦不能存在；对文化事业，“凡非本党领导的报纸、杂志、书籍不得登记，不让其发行”；对教育事业，“严格的监察与考查学生及教职员的思想行为”，“有不正当的思想行为者，不得收留在校”，“异党操纵者不让其存在”。这些政策的实施，使全省的政治环境日趋恶化。
为了应对抗日战争新形势的变化，中共中央于1938年9月29日至11月6日召开了扩大的六届六中全会，讨论决定了抗战相持阶段开始后党的主要任务。会议重申了进一步动员全国各族人民，扩大抗日民族统一战线，巩固和扩大国共两党及全国各抗日党派的长期合作，同时又强调了在统一战争中坚持党的独立自主的原则。会议决定撤销中共中央长江局，设立中共中央南方局，由周恩来任书记，领导长江以南党的工作和大后方的统一战线工作。八路军驻湘代表徐特立和中共湖南省委书记高文华参加了这次会议，并向中央汇报了湖南工作。
为了贯彻中共六届六中全会精神，1939年2月初，中共湖南省委在邵阳八路军驻湘通讯处召开了第一次扩大会议。省委成员、特委和部分县委负责人、《观察日报》和部分救亡团体中的党员负责干部30多人参加。中共中央南方局常委、组织部长博古出席会议，并宣读了六届六中全会决议。他强调：应广泛地开展统一战线，统一战线工作既要软，又要硬。软，不能软到丧失立场；硬，不能硬到破坏统一战线。同时，他还强调了在新局面下，更要严格把握干部标准，“没有德，不能当干部，没有才，也不能当干部”。省委书记高文华传达了六中全会精神，批判了统战工作中只讲联合不讲斗争的右倾错误，强调党的独立自主，放手发动群众，组织人民抗日武装斗争的方针。郭光洲、任作民、聂洪钧、李锐分别作了组织、宣传、军事、青年工作报告。会议总结检查了省委工作中的缺点错误，布置今后的任务为：继续深入开展抗日救亡宣传，壮大党的队伍，巩固地发展党的组织，继续举办党训班，加强党员纪律教育与保密教育，组织党员学习军事，掌握游击战争知识，准备建立敌后抗日根据地；派党员军事干部到地方抗日武装队伍中工作，使其成为抗日同盟军。会议选举高文华、徐特立、任作民、聂洪钧、郭光洲、王涛、蔡书彬为省委委员，帅孟奇、袁德胜（袁学之）为省委候补委员，高文华任书记，省委设组织、宣传、统战、军事等部与青运、工运、妇运、文化等委员会。鉴于战争已经进入湖南部分地区的情况，为了使党在整个湖南进入战场的时候，能领导群众进行抗敌自卫的斗争，以及在战争状态下，加强省委与各地党组织的联系，会议根据地势、组织基础、便利指导等几项原则，决定建立湘（潭）宁（乡）、常（德）益（阳）、邵阳、衡阳、南县5个中心县委，湘西工委和湘南特委仍归省委领导。这次会议对于加强全省党组织的建设，对于各级党组织适应战略相持阶段到来后的新局势，对于推动群众抗日救亡运动的深入，起了促进作用。
会议以后，省委以整顿和发展党的组织为重心，派遣领导干部深入各地开展工作。
中共长沙市委因局势的发展变化而停止了活动，干部相继调离。
1939年2月，省委组织部长聂洪钧出席南华安石公工委在南县召开的扩大会议，传达省委扩大会议精神，会议决定将工委改为中共南县中心县委，由曾恂、高文明、宋楚湘、文士桢、唐亚子、段广生、郭桂生组成，曾恂为书记，下辖南县、华容、安乡以及石首、公安、汉寿、常德、澧县部分党组织，有党员700余人。随即，南县中心县委创办了《先声报》和《工余晚报》，积极开展抗日宣传，并大力发展和培训民族解放先锋队，组建了一支由中共党员和民先队员共140多人组成的抗日武装。7月，南县中心县委划归湘鄂西区委领导。
1939年2月，中共湘西工委在沅陵召开扩大会议，聂洪钧、于刚分别传达了中共六届六中全会和全国青年工作会议精神，会议调整了湘西工委领导成员，梁春阳为书记，委员有丁务淳、陈楚、白云华、黄时雨（女）。同时增设了青年、妇女两部。
3月上旬，中共湘宁中心县委在湘乡成立，由袁德胜、孙仁、于刚、胡开炯、王礼中组成，书记袁德胜，领导湘乡、宁乡、湘潭、长沙西乡、蓝田、锡矿山等地的党组织。中心县委先后办了4期党员训练班，培训基层干部。
3月底，中共常益中心县委成立，由帅孟奇（女）、文士桢、李文定组成，书记帅孟奇（女），领导益阳、常德、汉寿、沅江、桃源、临澧、澧县的党组织，原常德中心县委随即撤销。
1939年初组成的中共衡阳临时中心县委，到6月正式改为中共衡阳中心县委，由宋濂（女）、曾国旗、欧阳方、董纯（女）组成，宋濂（女）为书记，领导衡阳、衡山、祁阳、零陵等地党组织，有党员300余人。
1939年4月上旬，中共湖南省委在邵阳召开第二次扩大会议，确定今后的工作方针：以全副精力进行紧急战争动员，把武装工作提到第一位；继续巩固与扩大统一战线；加强民众动员，利用合法的民众运动；大力发展党组织，同时注意巩固提高。会议讨论了对国民党和三青团的策略问题，但是，对国民党反共的新动向估计不足。
这次会议一个重要议题是支部工作问题。省委成员在分巡各地，协助各地组建中共中心县委时，就感到许多基层支部工作存在不容忽视的问题。因此，会议强调健全支部生活、转变支部工作方式的重要性，提出了“支部工作本位化”的口号，即学校支部的工作重心是团结和组织本校的学生、教师，推动学校当局进步和解决本校群众日常发生的一切问题，而不是忽视本校的工作建立而专做校外的活动；农村盼支部工作重心在于反映本地群众及行政机构的需要，提交支部讨论，并决定解决的办法，而不是光听上级的报告或指示；在工厂支部亦是同样的。这一决定，明确了新形势下党的基层组织实行工作转变的具体要求。
虽然两次省委扩大会议对全省党的工作方针和策略作了一些调整，但是，由于全省党的组织大多数是在较为宽松的政治环境中恢复和发展起来的。一方面各级领导机关对秘密工作重视不够，对可能发生的白色恐怖警惕性不高；另一方面大批新党员不仅缺乏秘密工作的体验，而且一些人还容易冲动，好出风头。这就使得湖南党组织基本处于半公开状态，从而给党的事业造成了损害。4月18日，《观察日报》被国民党邵阳县党部查封。《抗战日报》于4月27日发表《观察日报停刊了！》的消息和《遥慰我们的战友——谨书于聆悉观察日报停刊之日》的文章，以示抗议，结果被国民党当局新闻检察机关删除，以致当日的《抗战日报》被开了两个天窗。省委随即在邵阳创办了《真理》、《学生时代》半月刊，但不久也被迫停刊。于是，省委只能分遣一些党员和动员一些进步人士，到地方政府认为合法的《开明日报》、《阵中日报》、《国民日报副刊》、《力报》、《大公报》，以及汉寿、麻阳、邵阳、益阳、新化、湘乡、溆浦等县的《民报》工作，继续进行抗日救亡宣传。
4月20日，塘田战时讲学院也被国民党强行解散，学院党支部被迫组织师生进行转移。这一系列事件的出现，表明了以薛岳为首的湖南国民党政府已开始走上了反共和破坏抗日民族统一战线的道路。
4月底，周恩来由新四军驻地安徽泾县路经衡阳，召集中共湖南省委负责人高文华、徐特立、任作民等开会，针对国民党五届五中全会后加剧反共反人民活动的形势，作了关于转变党的组织形式与群众工作方式的指示。周恩来要求省委整顿、巩固党的组织，向党员进行秘密工作教育，并在组织发展问题上提出了“质重于量，巩固重于发展”的方针。自此，中共湖南省委以党内思想教育为中心，基本停止了组织发展工作，同时还派遣省委负责人到各中心县委加强领导，指示各级党组织主要负责人不再兼任群众团体的职务。在群众工作中扭转过去大刀阔斧的方式，注意区分秘密工作与群众工作，将群众工作放在合法团体中去进行。例如对青年工作，停止建立民族解放先锋队的组织，对刚成立不久的民先队，也做工作予以取消。同时，确定青运工作的策略是以国立、省立的中学为中心，巩固现有的阵地，创造新的隐蔽的支部；提高自己的学科程度，从学术研讨中，从同学的各种爱好中，加强党与他们的联系，扩大学生的思想工作范围，通过上述各种活动逐渐对学生进行进步思想的影响。
这时，中共湖南地方组织结构为：省委领导1个特委、1个地区工委、4个中心县委、37个县委或县工委、14个以县为单位的特支，约有党员5000人。至9月，又正式成立了中共邵阳中心县委，由谢竹峰、李文定、谢劲之组成，谢竹峰为书记，领导邵阳、新化、武冈、城步、新宁、绥宁、东安、洞口等县的党组织。
