湖南常德人，又名愈坤，1897年2月11日出生于石门县白云桥乡一个农民家庭。他先后就读于石门中学、长沙明德中学、湖南统计学校；1925年11月，在长沙读书期间，加入中国共产党。
同年底，吴协仲奉命回县开展革命活动。他以石门县政府田赋管理处主任的公开身份，先后参与筹建国民党县党部和中共石门县特别支部等一系列革命活动。
1926年初，中共石门县特别支部在石门中学秘密建立，吴协仲被选为特支委员。同年10月，特支改为县委后，吴协仲继任县委委员，负责农运工作。其间，他负责组建了石门农民协会筹备处，主持起草了《石门县铲除土豪劣绅委员会告民众书》。次年2月，石门县农民协会成立，他当选为县农协第一任会长。此后，他又被推选为石门县铲除土豪劣绅委员会和石门县特别法庭委员会委员。在他的发动和组织下，石门全县农协很快发展到49个，引起了反动当局的惶恐不安。国民党右派县长，为了搞垮农民协会，随即也组织假农会，破坏农运。吴协仲针锋相对，联合各界力量，将这位反动县长赶下了台，解散了假农会。紧接着在县城召开万人大会，当场枪决了作恶多端的劝学所长和县参议长等一批土豪劣绅。为了清除社会上的旧风恶习，他为农民协会编写了一首戒烟歌——《十不得》，到处演唱。同时发动儿童团铲除鸦片苗，收缴鸦片烟枪，限令流氓地痞改邪归正，组织群众捣毁土地庙、烧木菩萨、破除封建礼教，把妇女从深闺厨房中解放出来。同时，他领导农协会员分地主的浮财，并在泥市、磨市等地进行土改。他还在易市、二都、新关、南圻等地开办农民夜校，传授文化知识，宣传进步思想。
1928年3月，贺龙、周逸群等经石门回桑植组织工农武装，吴协仲随贺龙来到洪家关，参加了桑植起义。他曾在樵子湾、谷罗山、龙潭坪、白竹坪等地动员大批青年农民参军，壮大了革命队伍。
1929年2月，贺龙部队正式改编为“中国工农红军第四军”，在军内建立党的特支，吴协仲任特支下的分支书记。同年6月，敌向子荣旅进攻桑植南岔。此时已任红四军二团党代表的吴协仲，和团长文南甫主动向贺龙请战，率领全团战士在南岔渡口阻击敌人。当敌人从卧云界尾下山准备渡河时，他们立即率红二团从敌人背后猛烈攻击，在红一团、红四团和特务连的配合下，一举歼敌300多人，并击毙敌团长周寒之。7月中旬，敌旅长向子荣不甘失败，又带2000多兵马进犯桑植，红四军全部撤出县城，设伏诱敌，吴协仲和文南甫带领红二团负责坚守后山。敌先头部队进入城内，见无阻击，后续之敌便慢慢渡河前进。随着贺龙一声令下，顿时枪声四起，杀声震天，敌兵扔下武器，拔腿就跑。吴协仲亲率红二团经八斗溪直插汪家坪，截断敌兵退路。此役，红军全歼敌向子荣旅2000余人。
1930年2月，红四军在鹤峰整编，吴协仲调任军部警卫营党代表，随主力部队活动在湘鄂边一带。4月上旬，主力东进，军部警卫营扩编为警卫团，吴协仲继任团政委。4月下旬，部队转战到五峰县清水湾。吴协仲深夜检查岗哨时，发现原团防罗效之旧部谷某带人摸到军部，企图谋杀贺龙。他立即指挥警卫团战士把谷某等全部抓获，并就地处决。5月，他随部到长乐坪进行休整，他和团长贺沛卿发布了《红三军第四军警卫团团部告农民书》，迅速建立了五峰县农民协会，积极开展拥军优属活动。长乐坪、渔洋关等地党组织还把裁缝、理发师组织起来，集中到红军驻地赶制军衣、军旗，为指战员理发；渔洋关的石印工人亦赶印各种布告。军民互相支持，使部队整训和地方工作都搞得有声有色，热火朝天。
同年7月，红四军和红六军在湖北公安会师，合编为红二军团，吴协仲仍在警卫团任政委。1931年3月，红二军团改编为红三军，吴协仲调任第八师第二十三团政委。
同年8月，在房县一仗中，敌人两次夺走阵地，抢占制高点。吴协仲与全团战士顽强拼搏，经过七天七夜的战斗，终于击溃敌人，夺回阵地，歼敌300余人，缴获大批枪支弹药。10月，吴协仲亲率二十三团随主力回洪湖，参加了扩大巩固苏区的战斗。
1932年8月中旬，敌重兵围攻洪湖中心苏区。吴协仲随部队到襄北大洪山一带打游击。11月初，进入豫西南地区。当地反动民团加上国民党马鸿逵部不断袭击堵截，迫使红军且战且走。隆冬季节，红军缺衣少食，人员锐减。吴协仲在转移途中，见战士文昆富因病行军困难，就扶着他走，鼓励他战斗到底。11月10日，红军行到河南社旗县苗店、郝寨地区，连遭敌兵袭击，后撤至马河西岸，又被尾追敌军包围。红二十三团随师部完成掩护主力撤离任务后，损失惨重，师长覃苏阵亡，吴协仲也壮烈牺牲，时年35岁。
解放后，贺龙元帅于1950年亲笔写信给吴协仲的女儿，告之她：协仲为革命光荣牺牲，望节哀承志，继续为革命事业奋斗！”
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